BasKet es el software libre más parecido a Microsoft OneNote que encontré. ¿Cuántas veces no les ha pasado que quieren escribir algo rápido y lo que hacen es crear un archivo de texto y guardarlo en el escritorio? Este programa sirve para tener un orden en todo lo que hacemos, para anotar lo que se nos ocurra, para organizar tus investigaciones e ideas, y muchas cosas más. Tiene también varias cosillas geniales, como el que también puedes agregar imágenes, links, listas de cosas por hacer, listas de preferencias, puntos de avance en un proyecto, etc. Ocupan las librerías de KDE para poder correrlo. Pueden descargar BasKet desde los repos o desde la página principal:

http://basket.kde.org